Little Witch Academia Sub Indo BD Batch : “Hati yang percaya adalah Sihirmu!” merupakan kata-kata yang dikatakan idola dari Atsuko “Akko” Kagari, penyihir yang terkenal Shiny Chariot, saat pertunjukan sihir beberapa tahun yang lalu. Sejak itu, Akko bercita-cita menjadi penyihir seperti Shiny Chariot yang bisa membuat orang tersenyum dengan sihirnya. Oleh karena itu, mesikupun latar belakang keluarganya tidak memiliki sihir, hal itu tidak menghentikannya untuk mendaftar di Akademi Sihir Luna Nova.
Namun, ketika Akko yang bersemangat akhirnya berangkat ke sekolah barunya, perjalanan ke sana tidak mulus. Setelah perjalanannya yang berbahaya, dia bertemu dan berteman dengan Lotte Yansson yang pemalu dan Sucy Manbavaran yang sarkastik. Yang sangat menyenangkan, dia juga menemukan tongkat Chariot yaitu Shiny Rod, yang sekarang menjadi miliknya. Lalu setelah masuk ke akademi Luna Nova, Akko melihat bahwa penyihir-penyihir berbakat yang ada disana. Dan hal itu menjadi motivasi Akko untuk terus berkembang.